生化处理池调试过程中，镜检发现大量丝状菌及菌胶团

最近在调试生化处理池，工艺是二级水解酸化厌氧处理+二级好氧处理，目前两级好氧池在同时进行调试，我负责的是二级好氧池的调试。在8日前出水COD稳定在200mg/L左右两天，镜检发现少量的草履虫、线虫、漫游虫及大量的菌胶团和累枝虫。然后将进水量加大，由于工作原因，有一天没有投加氮磷，两天没有进行镜检，然后发现出水COD浓度开始升高，镜检发现大量的草履虫、线虫及丝状菌，少量的累枝虫及一些没有柄的吸管虫，于是将进水量继续调大了一些，投加氮磷的量加大，两天后没有效果，然后将进水量调小，有3天没有投加氮磷，过程中镜检发现草履虫、线虫及丝状菌数量增多，累枝虫数量减少，同时出水沉降性能变差，测定的COD浓度迅速升高到1250mg/L，出水pH值在6.5左右。但是在水样中投加聚铝后，沉降性能会变好，而且COD浓度在100mg/L以下。前天将进水关闭闷曝，发现出水COD浓度没有明显的降低。请问，应该怎么做才可以消除丝状菌并且将对菌胶团的伤害降到最低呢？